Fabuła Gothica II kontynuuje tę, znaną nam z pierwszej części gry. Bezimienny Bohater zostaje w magiczny sposób wyciągnięty spod gruzów Świątyni Śniącego - miejsca ostatniej batalii Gothica. Zbawcą jest nekromanta Xardas, który już na początku mówi nam o nowym zagrożeniu, jakie pojawiło się na wyspie Khorinis. Tym razem stała się ona celem potężnych istot - Smoków, wezwanych tam przez Śniącego w chwili jego wygnania. Nie możemy jednak ruszyć od razu do boju, a to z trzech powodów. Po pierwsze główny bohater, będąc przez około 30 dni nieprzytomnym, stracił swoje umiejętności. Po drugie Górnicza Dolina jest teraz w całości okupowana przez Orków. Po trzecie nasz sprytny mag od razu orientuje się, że Smoki dostają od kogoś rozkazy. Musimy więc z nimi porozmawiać, a do tego potrzebny nam będzie magiczny artefakt samgo boga światła - Oko Innosa. Pierwszym krokiem do zdobycia go jest przyłączenie się do jednego z trzech stronnictw:

• Strażnicy Miejscy / Paladyni - obrońcy miasta posłuszni królowi Rhobarowi II i oddani Innosowi - bogu światła, życia i sprawiedliwości. Strażą Miejską dowodzi Lord Andre - prawa ręka tymczasowego dowódcy Khorinis i opiekuna paladynów - Lorda Hagena. Potrafią oni bardzo dobrze walczyć i znają się na magii.

• Najemnicy / Łowcy Smoków - częściowo znani z gry Gothic wojownicy, którzy połączyli siły z wojownikami z południa. Szefem tych pierwszych jest Generał Lee, zaś drugich Sylvio. Zostali oni wynajęci przez bogatego właściciela ziemskiego Onara do chronienia jego rodzinnego majątku przed Strażnikami Miejskimi. Skuszeni historiami o skarbach znajdujących się w posiadaniu Smoków postanawiają zapolować na te stworzenia. Są niezrównani w walce i mogą nauczyć się samodzielnie wykuwać broń. Są znani również z mordowania, a także wielu innych przestępstw.

• Nowicjusze / Magowie Ognia - sprzymierzeni z Paladynami wierni słudzy Innosa. Dołączenie do nich jest najtrudniejsze. Przewodzą im Arcymagowie Ognia Pyrokar (ten sam, od którego w pierwszej części otrzymaliśmy list do Xardasa przy wrzuceniu nas do Kolonii Więziennej) oraz Ulthar i Serpentes. Dobrze znana jest im sztuka magiczna i mają możliwość nauczenia się tworzenia run.