Głównym wątkiem gry jest uwolnienie Myrtany spod okupuacji orków, którzy w czasie wojny z ludźmi zajęli większość osad i miast. Orkowie współpracują z Zubenem, czyli potężnym władcą Asasynów oraz z Xardasem, który częściowo zdradził Bezimiennego. Jednak w dalszej części gry, Xardas zaczyna współpracować z bohaterem. Celem w grze jest znalezienie pięciu potężnych artefaktów Boga Adanosa. Gdy już gracz je zdobędzie los Myrtany leży w jego rękach - może zdecydować się na jedno z trzech różnych zakończeń gry. Fabuła gry jest nieliniowa, można wykonywać misje w dowolnej kolejności. Wątek główny skupia się na odnalezieniu czarnego maga Xardasa, gracz jednak nie musi się skupiać tylko na misjach głównych, ale również ma możliwość podejmowania się misji pobocznych, które są często znacznie ciekawsze i wyżej punktowane niż zadania z wątku głównego. Bezimienny zdobywa reputację wraz z wykonywaniem misji i rozwojem postaci. Dzięki wysokiemu poziomowi reputacji gracz może zaskarbić sobie zaufanie ludu Myrtany albo orków. W grze wyróżniamy następujące strony konfliktu:

• Nordmarczycy (lud północy, walczą przeciwko orkom, współpracują z wyznawcami Innosa)
• Buntownicy (rojaliści, walczą przeciwko orkom w imieniu króla Rhobara II)
• Orkowie (walczą przeciw buntownikom, koczownikom i gońcom leśnym)
• Asasyni (kolaborują z orkami)
• Koczownicy (sprzymierzeni z buntownikami z Myrtany, lecz pochodzą z pustynnego Varantu)
• Najemnicy (znani z poprzednich części gry, są na służbie orków i asasynów)
• Gońcy Leśni (nacja neutralna broniąca natury, druidzi).

Wysoki poziom reputacji pozwala na rozmowę z dowódcą garniozonu (w przypadku miast/wiosek opanowanych przez orków), handel potężniejszymi przedmiotami (np. zbroja paladyna, nordmarczyka itp.) oraz zaskarbienie sobie reputacji mieszkańców. W grze gracz dysponuje ogromną ilością misji - zadań pobocznych i głównych (jest ich wszystkich około 1000).

Występujące zakończenia w grze Gothic 3:

• zakończenie po stronie Boga Innosa (dopełnia się moc artefaktów Adanosa - Myrtana uwolniona spod okupacji orków)
• zakończenie po stronie Boga Beliara (zakończenie korzystne dla Asasynów i Najemników, a władza orków zostaje obalona)
• zakończenie standardowe (Bezimienny bohater i Xardas udają się eksplorować Niezbadane Krainy, po zabiciu Zubena oraz króla Rhobara II

Fabuła w grze jest ciągła co znaczy, że nie doświadczymy tutaj zmian rozdziałów tak jak w poprzednich częściach. Cały świat od pierwszej minuty gry jest dostępny dla gracza bez żadnych zamkniętych wrót lub dróg. Przejście gry obejmujące zadanie główne i misje poboczne jednej ze stron konfliktów zapewnia od 200 do 300 godzin zabawy.